Tijdens de uitvoering van een bodemsanering dient toezicht door een milieukundige begeleider te worden gehouden volgens de voorschriften voor Kwaliteitsborging in het bodembeheer (KWALIBO). De milieukundige begeleiding wordt uitgevoerd door een onafhankelijke partij. De milieukundige begeleider heeft een toezichthoudende en adviserende functie richting directie of opdrachtgever. Bovendien controleert de milieukundige begeleider of de sanering wordt uitgevoerd volgens de gestelde eisen en regels van het bevoegd gezag.
Bij de milieukundige begeleiding wordt onderscheid gemaakt tussen processturing en verificatie. Tijdens de uitvoering van de bodemsanering vindt de processturing plaats. De milieukundige begeleider geeft aanwijzingen en adviseert opdrachtgever en aannemer over een correcte uitvoering. Daarnaast onderhoudt hij contacten met bevoegd gezag en andere betrokkenen. Na afloop van (een deel van) de sanering vindt de verificatie plaats waarmee, met behulp van controlebemonsteringen of metingen, het saneringsresultaat wordt vastgesteld. Na afloop van de sanering worden de resultaten van de processturing en verificatie beschreven in een milieukundig evaluatieverslag wat ter goedkeuring wordt ingediend bij het bevoegd gezag.
ATKB beschikt over een vaste groep van milieukundige begeleiders die BRL6000 erkend en geregistreerd zijn voor het uitvoeren van zowel processturing als verificatie bij conventionele saneringen (protocol 6001), in-situ saneringen (protocol 6002) en waterbodemsaneringen (protocol 6003).
